L'italia non ha ottemperato agli obblighi della direttiva europea nell'agire «affinché la progettazione, la costruzione, la gestione e la manutenzione degli impianti di trattamento delle
acque reflue urbane siano condotte in modo da garantire prestazioni sufficienti nelle normali condizioni climatiche locali e affinché la progettazione degli impianti tenga conto delle variazioni stagionali di carico». 

I giudici comunitari danno quindi ragione alla commissione europea che nel 2009 aveva avviato una procedura d'infrazione contro l'Italia per il mancato rispetto delle norme ue in materia di acque reflue in decine di comuni italiani con una popolazione uguale o superiore ai 15.000 abitanti. Gli Stati membri dovevano provvedere entro il 31 dicembre 2000 affinché tutti gli agglomerati con un numero di abitanti equivalenti o superiore a 15 000 (aree in cui la popolazione o le attività economiche sono sufficientemente concentrate da rendere possibile la raccolta e il convogliamento delle acque reflue urbane verso un impianto di trattamento) fossero provvisti di reti fognarie per le acque reflue urbane. 

Inoltre gli Stati membri dovevano anche provvedere entro il 31 dicembre 2000 affinché, per tutti gli scarichi provenienti da agglomerati con oltre 15 000 abitanti, le acque reflue urbane fossero sottoposte, prima dello scarico, ad un trattamento secondario (che avviene mediante un processo che in genere comporta un trattamento biologico con sedimentazioni secondarie).
La direttiva prevede che la progettazione, la costruzione, la gestione e la manutenzione degli impianti di trattamento delle acque reflue urbane devono essere condotte in modo da garantire prestazioni sufficienti nelle normali condizioni climatiche locali. La progettazione degli impianti deve tenere conto inoltre delle variazioni stagionali di carico e deve lasciare la possibilità di prelevare campioni rappresentativi sia delle acque reflue in arrivo sia dei liquami trattati, prima del loro scarico nelle acque recipienti (12 è il numero minimo annuo dei campioni da raccogliere nel corso dell'anno).

La Commissione ha avviato una procedura di infrazione contro l'Italia nel 2009 in quanto vari agglomerati non si erano ancora adeguati agli obblighi sulla raccolta, trattamento e scarico delle acque reflue urbane.

La Corte di giustizia ha dichiatato che la Repubblica italiana è venuta meno agli obblighi discendenti dalla direttiva in quanto ha omesso di prendere le disposizioni necessarie: 
•per garantire che siano provvisti di reti fognarie per le acque reflue urbane i seguenti agglomerati : Acri, Siderno, Bagnara Calabra, Bianco, Castrovillari, Crotone, Santa Maria del Cedro, Lamezia Terme, Mesoraca, Montebello Ionico, Motta San Giovanni, Reggio Calabria, Rende, Rossano, Scalea, Sellia Marina, Soverato, Strongoli (Calabria), Cervignano del Friuli (Friuli-Venezia Giulia), Frascati (Lazio), Porto Cesareo, Supersano, Taviano (Puglia), Misterbianco e altri, Aci Catena, Adrano, Catania e altri, Giarre-Mascali-Riposto e altri, Caltagirone, Aci Castello, Acireale e altri, Belpasso, Gravina di Catania, Tremestieri Etneo, San Giovanni La Punta, Agrigento e periferia, Porto Empedocle, Sciacca, Cefalù, Carini e ASI Palermo, Palermo e frazioni limitrofe, Santa Flavia, Augusta, Priolo Gargallo, Carlentini, Scoglitti, Marsala, Messina 1, Messina e Messina 6 (Sicilia).
•per garantire che nei seguenti agglomerati le acque reflue urbane che confluiscono in reti fognarie siano sottoposte al trattamento: 

Lanciano-Castel Frentano (Abruzzo), Acri, Siderno, Bagnara Calabra, Castrovillari, Crotone, Montebello Ionico, Motta San Giovanni, Reggio Calabria, Rossano (Calabria), Battipaglia, Benevento, Capaccio, Capri, Ischia, Casamicciola Terme, Forio, Massa Lubrense, Napoli Est, Vico Equense (Campania), Trieste-Muggia-San Dorligo (Friuli-Venezia Giulia), Albenga, Borghetto Santo Spirito, Finale Ligure, Imperia, Santa Margherita Ligure, Quinto, Rapallo, Recco, Riva Ligure (Liguria), Casamassima, Casarano, Porto Cesareo, San Vito dei Normanni, Supersano (Puglia), Misterbianco e altri, Scordia-Militello Val di Catania, Palagonia, Aci Catena, Giarre-Mascali-Riposto e altri, Caltagirone, Aci Castello, Acireale e altri, Belpasso, Gravina di Catania, Tremestieri Etneo, San Giovanni La Punta, Macchitella, Niscemi, Riesi, Agrigento e periferia, Favara, Palma di Montechiaro, Menfi, Porto Empedocle, Ribera, Sciacca, Bagheria, Cefalù, Carini e ASI Palermo, Misilmeri, Monreale, Santa Flavia, Termini Imerese, Trabia, Augusta, Avola, Carlentini, Ragusa, Scicli, Scoglitti, Campobello di Mazara, Castelvetrano 1, Triscina Marinella, Marsala, Mazara del Vallo, Barcellona Pozzo di Gotto, Capo d'Orlando, Furnari, Giardini Naxos, Consortile Letojanni, Pace del Mela, Piraino, Roccalumera, Consortile Sant'Agata Militello, Consortile Torregrotta, Gioiosa Marea, Messina 1, Messina 6, Milazzo, Patti e Rometta (Sicilia).
•affinché la progettazione, la costruzione, la gestione e la manutenzione degli impianti di trattamento delle acque reflue urbane siano condotte in modo da garantire prestazioni sufficienti nelle normali condizioni climatiche locali e affinché la progettazione degli impianti tenga conto delle variazioni stagionali di carico negli agglomerati di: 

Lanciano-Castel Frentano (Abruzzo), Acri, Siderno, Bagnara Calabra, Castrovillari, Crotone, Montebello Ionico, Motta San Giovanni, Reggio Calabria, Rossano (Calabria), Battipaglia, Benevento, Capaccio, Capri, Ischia, Casamicciola Terme, Forio, Massa Lubrense, Napoli Est, Vico Equense (Campania), Trieste-Muggia-San Dorligo (Friuli-Venezia Giulia), Albenga, Borghetto Santo Spirito, Finale Ligure, Imperia, Santa Margherita Ligure, Quinto, Rapallo, Recco, Riva Ligure (Liguria), Casamassima, Casarano, Porto Cesareo, San Vito dei Normanni, Supersano (Puglia), Misterbianco e altri, Scordia-Militello Val di Catania, Palagonia, Aci Catena, Giarre-Mascali-Riposto e altri, Caltagirone, Aci Castello, Acireale e altri, Belpasso, Gravina di Catania, Tremestieri Etneo, San Giovanni La Punta, Macchitella, Niscemi, Riesi, Agrigento e periferia, Favara, Palma di Montechiaro, Menfi, Porto Empedocle, Ribera, Sciacca, Bagheria, Cefalù, Carini e ASI Palermo, Misilmeri, Monreale, Santa Flavia, Termini Imerese, Trabia, Augusta, Avola, Carlentini, Ragusa, Scicli, Scoglitti, Campobello di Mazara, Castelvetrano 1, Triscina Marinella, Marsala, Mazara del Vallo, Barcellona Pozzo di Gotto, Capo d'Orlando, Furnari, Giardini Naxos, Consortile Letojanni, Pace del Mela, Piraino, Roccalumera, Consortile Sant'Agata Militello, Consortile Torregrotta, Gioiosa Marea, Messina 1, Messina 6, Milazzo, Patti e Rometta (Sicilia).